Szyfrowanie szyfrem książkowym polega na zastępowaniu wyrazów szyfrowanej wiadomości przez odpowiadające im liczby. Wyrazy wyszukiwane są w książce będącej tabelą szyfrującą i zastępowane liczbami określającymi miejsce danego wyrazu w książce. Korespondujący ze sobą użytkownicy muszą posługiwać się swoimi egzemplarzami tej samej książki. Zachowanie w tajemnicy wiedzy jaka książka jest tabelą szyfrującą ma zasadnicze znaczenie dla mocy kryptograficznej tego typu szyfru.
W szyfrowanej korespondencji między Jackiem Merklem a Jerzym Milewskim tabelą szyfrującą był „Kieszonkowy słownik angielsko-polski i polsko-angielski” (Wydawnictwo „Wiedza Powszechna” Warszawa 1983; ISBN 83-214-0363-8). Na zdjęciu poniżej oba egzemplarze używanej tabeli szyfrującej – stan z 2025 roku.
Szyfrowane depesze zawierały ciąg liczb sześciocyfrowych, w których pierwsze trzy cyfry określały stronę słownika, czwarta cyfra – kolumnę na stronie, a dwie ostatnie cyfry – położenie wyrazu w kolumnie. Ze względu na użycie słownika jako tabeli szyfrującej, do szyfrowania użyte były tylko wyrazy w ich podstawowej formie (bez deklinacji i koniugacji). Odbiorca musiał wobec tego jeszcze odczytać informację z odszyfrowanej treści, co z reguły nie sprawiało większych problemów.
Na przykład – depesza szyfrowana prezentowaną tabelą szyfrującą o postaci:
492201 476117 646112 383212 281108
miała treść:
nie mieć wolność bez solidarity
czyli, przekazywała informację:
Nie ma wolności bez Solidarności
Ciekawostką jest, że ówczesne władze PRL tak zapamiętale starały się wymazać istnienie Solidarności, że w tym kieszonkowym słowniku w części polsko-angielskiej nie ma hasła „solidarność”, dlatego w powyższym przykładzie użyto słowa „solidarity” z części angielsko-polskiej słownika.
Służba Bezpieczeństwa była bezsilna wobec szyfrów Solidarności podziemnej. Przełom w łamaniu szyfrów nastąpił dopiero wtedy, gdy jesienią 1985 roku Służba Bezpieczeństwa zwróciła się o pomoc do Zarządu II Sztabu Generalnego Wojska Polskiego. Zadanie złamania szyfru zostało zlecone Oddziałowi XVI (Dekodażu) Zarządu II. Oficerowie tego Oddziału złamali szyfr książkowy, wówczas już nieużywany.
Więcej o stosowaniu szyfru książkowego Merkla – Milewskiego można dowiedzieć się ze Wspomnień uczestników w odcinkach:
oraz